До тех пор, пока не принято решение о  признании и возмещении, под «недостачей» советую понимать  результат арифметических действий  с двумя неизвестными, где уменьшаемое – «некие» учетные данные», а вычитаемое –  «некая» величина,  зафиксированная в инвентаризационной описи. 
Задача судебного эксперта в таком деле сводится к выявлению неправильно функционирующих систем учета и контроля, с оценкой степени влияния на достоверность исследуемых показателей.
В положениях Учетной политики, утвержденной и применяемой в организации, допустимо не применять рекомендации Минфина РФ, но в таком случае организация рискует принять на себя и негативные последствия.