До тех пор, пока не принято решение о  признании и возмещении, под «недостачей» советую понимать  результат арифметических действий  с двумя неизвестными, где уменьшаемое – «некие» учетные данные», а вычитаемое –  «некая» величина,  зафиксированная в инвентаризационной описи. 
Задача судебного эксперта в таком деле сводится к выявлению неправильно функционирующих систем учета и контроля, с оценкой степени влияния на достоверность исследуемых показателей.
В положениях Учетной политики, утвержденной и применяемой в организации, допустимо не применять рекомендации Минфина РФ, но в таком случае организация рискует принять на себя и негативные последствия.

При наличии противоречий, сомнений, поиска ответа на вопрос "Как так, по документам же...", необходима консультация сведущего эксперта. Это сократит время на поиск "истины". О чем вывод в деле о банкротстве: об искажениях и недостоверности бухгалтерского учета на предприятии и взаимосвязанной с ним организации, при данных обстоятельствах использование бухгалтерских данных приведет к ошибочному выводу, ответить на вопрос будет возможно, когда будут установлены действительные факты и обстоятельства по сделкам, а к пониманию следует вероятность получения выгод в пользу неустановленных лиц.
Но установлено через 5 лет от даты выявления самого факта.

Судебно-бухгалтерская экспертиза относится к ситуационному виду экспертиз.  Эксперт, исходя из обстоятельств каждого конкретного дела, разрабатывает частные подходы к решению  задач.   Когда выводы даны в отрыве от обстоятельств дела, это означает отсутствие «исследования» как такового, что соответственно порождает экспертные, следственные и судебные ошибки.