В 1995 г. судья КС РФ В.О. Лучин в особом мнении указал: «Президент единолично не располагает «всеми имеющимися у государства средствами», не может использовать их бесконтрольно, по своему усмотрению, тем более — наделять такими полномочиями Правительство. Это противоречило бы статье 10 Конституции, устанавливающей разделение властей» (Постановление КС РФ от 31.07.1995 г. N 10-П).
По вопросу о конституционности положений части 5 статьи 5 Федерального закона «О собраниях, митингах, демонстрациях, шествиях и пикетированиях» судья А.Л. Кононов отметил, что «оправдание в данном случае приводит как раз к противоположному эффекту — циничному и ничем не ограниченному произволу, с которым исполнительная власть использует оспариваемые положения в своих интересах и вопреки смыслу конституционной нормы» (Определение КС РФ от 02.04.2009 г. N 484-О-П).
«По мнению КС, наличие у российского гражданина иного гражданства само по себе предполагает его неблагонадежность, нелояльность, презюмирует пренебрежение им своим отечеством и интересом своего народа, «объективно» делает его агентом иностранного влияния (!), представляющим угрозу суверенитету государства и даже конституционному строю, что должно оправдывать его гражданскую неполноценность, упречность правового статуса и ущербность политических прав в собственной стране. Было даже высказано сожаление, что законодательство, допускающее наличие другого гражданства (а значит, и норма Конституции РФ), слишком либерально (!) и не должно иметь место (особое мнение судьи А.Л. Кононова, определение КС РФ от 04.12.2007 г. N 797-О-О).
В 2003 судья В.Г. Ярославцев в особом мнении подчеркнул: «пройдет время, и мы поймем всю мудрость фразы: «Свобода печати обеспечивает свободу народа» (Хартия свободы печати. Лондон, 16 января 1987 года)» (Постановление КС РФ от 30.10.2003 г. N 15-П).
По вопросу об оспаривании Закона об исключении голосов «против всех» судья А.Л. Кононов в особом мнении указал, что в «позиции КС подспудно звучит возникшая при обсуждении решения оценка голосования «против всех» как деструктивного отрицания, анархистского протеста и т.п. порицаемого поведения избирателей. Кроме сомнительности подобных утверждений с политической или моральной точек зрения, они представляются совершенно недопустимыми в сфере права, поскольку абсолютно противоречат конституционно закрепленной свободе волеизъявления выбора и выражения собственного мнения, которые неразрывно связаны с избирательным правом.
Государство и законодатель не должны контролировать, а тем более оценивать или осуждать мотивы, которыми руководствуется субъект, осуществляя свое право выбора» (Постановление КС РФ от 29.11.2004 г. N 17-П).
«Весьма цинично, однако, было бы утверждать, что народу вполне достаточно было бы выбирать и иметь только одного представителя в исполнительной власти — Президента РФ, с тем чтобы он назначал остальных. Руководитель региона, бесспорно, является фигурой, представляющей важное значение для жизни и интересов населения, особенно (как это отмечалось в настоящем процессе) при сильном ослаблении местных парламентов и зависимости их от исполнительной власти. Новый механизм, таким образом, лишил население не только права избирать и быть избранным, но и права отстаивать свои права и интересы на региональном уровне, в том числе путем ответственности перед ним выборного лица» (особое мнение судьи А.Л. Кононова, постановление КС РФ от 21.12.2005 г. N 13-П).
Судья КС Н.В. Витрук по вопросу о судимости высказался: «судимость как явление «объективного» и «субъективного» уголовного права, заменившее «неблагонадежность» времен царизма и «контрреволюционность» времен красного террора и гражданской войны, аморальна (безнравственна), противоречит принципам права, справедливости и гуманизма и представляет собой рудимент прошлого, тоталитарного режима (особое мнение судьи Н.В. Витрука, постановление КС РФ от 19.03.2003 г. N 3-П).
«Очевидно, что многолетний террор и массовые политические преследования причинили не меньший ущерб, чем чернобыльская катастрофа» (особое мнение судьи А.Л. Кононова, определение КС РФ от 01.12.2005 г. N 462-О).
По делу о проверке статьи 14.1 Федерального закона «О погребении и похоронном деле» судья А.Л. Кононов отметил, что «оспариваемые нормы, запрещающие выдачу родственникам тел погибших и устанавливающие анонимность их захоронения, являются, по нашему мнению, абсолютно аморальными, отражающими самые дикие, варварские и низменные представления прошлого.
Об этом ярко свидетельствуют те весьма откровенные мотивы, которые приводились в защиту закона в Государственной Думе, СМИ и даже нашли отражение в настоящем процессе: об оправданности отказа от гуманности и принятых стандартов в обращении с личностью, о необходимости адекватной террору жестокости и бесчеловечности, о пользе демонстративного устрашения с помощью трупов врагов, об обоснованности расплаты семей погибших за родство с ними и требования «оставить их без памяти и всего остального», отсылки к «традициям» сталинских репрессий или восточному опыту зашивания трупов в свиные шкуры и т.п.» (Постановление КС РФ от 28.06.2007 г. N 8-П).
31 августа 2009 года Ярославцев дал интервью испанской газете El Pais под заголовком «В России правят органы безопасности, как в советские времена», «судебная власть в России за время президентства Владимира Путина и его преемника Дмитрия Медведева превратилась в инструмент на службе исполнительной власти», «законодательные органы парализованы», «центр принятия решений находится в администрации президента». «Я чувствую себя среди руин правосудия», — подытожил Ярославцев.
Анатолий Кононов в октябре 2009 г. в интервью еженедельнику «Собеседник» под заголовком «Независимых судей в России нет» заявил, что «Ярославцева в лучших традициях „высекли“ на нашем пленуме». Кононову критику тоже не простили, предложив добровольно уйти в отставку, на которую тот согласился.